制备DNB
取出0.2 mL八联管或PCR管,根据不同文库类型制备相应的DNB制备反应混合液1或App DNB制备反应混合液1。
T7+ FCL PE100或T7+ FCL PE150型号的插件试剂盒1中的DNB制备试剂适用于MGI文库:
DNB制备反应混合液1 组分
管盖颜色
体积(μL)
90 μL体系
45 μL体系
TE缓冲液
20-V
10-V
DNB制备缓冲液
20
10
ssDNA文库
/
V
V
总体积(μL)
40
20
T7+ App-D FCL PE100或T7+ App-D FCL PE150型号的的插件试剂盒1中的DNB制备试剂适用于App文库(TruSeq和Nextera接头)和MGI文库:
App DNB制备反应混合液1 组分
管盖颜色
体积(μL)
90 μL体系
45 μL体系
TE缓冲液
20-V
10-V
App DNB制备缓冲液
20
10
ssDNA文库
/
V
V
总体积(μL)
40
20
将DNB制备反应混合液1或App DNB制备反应混合液1用涡旋振荡器振荡混匀,迷你离心机离心5 s,置于PCR仪中进行引物杂交,反应条件见下表:
DNB制备引物杂交反应条件 温度
时间
105 ℃(热盖)
On
95 ℃
1 min
65 ℃
1 min
40 ℃
1 min
4 ℃
Hold
取出DNB聚合酶混合液Ⅱ(LC),短暂离心5 s,置于冰上备用。
注意:DNB聚合酶混合液Ⅱ(LC)需在冰上操作,勿置于室温。勿振荡混匀。使用时需握住试剂管顶部,勿触碰管壁。手掌温度或室温可能会影响酶的活性。
当PCR仪达到4 ℃后取出PCR管,迷你离心机离心5 s后,置于冰上。
在冰上将下表列出的试剂加入装有DNB制备反应混合液1或App DNB制备反应混合液1的PCR管中:
DNB制备反应混合液2 组分
管盖颜色
体积(μL)
90 μL体系
45 μL体系
DNB高效聚合酶混合液Ⅰ
40
20
DNB聚合酶混合液Ⅱ(LC)
1.6
0.8
总体积(μL)
41.6
20.8
用涡旋振荡器振荡混匀,迷你离心机离心5 s,即刻置于PCR仪中,反应条件如下:
DNB制备滚环扩增条件 温度
时间
35 ℃ (热盖)
On
30 ℃
10 min
4 ℃
Hold
温馨提示:部分品牌的PCR仪的热盖升降温速度慢。在热盖升降温过程中,加热模块处于室温状态,且程序未运行。对于这种类型的PCR仪,需提前进行热盖预热,确保在进行DNB反应时热盖处于工作温度。
热盖温度建议设置为35 ℃,或尽可能设置成接近35 ℃的最低温度。
当PCR仪温度达到4 ℃后立即取出PCR管置于冰上,加入5 μL DNB终止缓冲液(45 μL体系)或10 μL DNB终止缓冲液(90 μL体系),用无滤芯的阔口吸头缓慢吹打混匀8次。完成后立即测定DNB浓度,并尽快上机测序。
注意:操作过程中,务必将DNB置于冰上。
务必使用阔口吸头(不带滤芯)缓慢吹打混匀DNB。切勿离心、振荡及剧烈吹打。
制备完成的DNB需置于2 ℃~8 ℃。