计算ssDNA文库所需量
通常,90 μL体系用于大量DNB加载,45 μL体系用于少量DNB加载。一个插件试剂盒1的DNB制备试剂支持制备10管90 μL体系的DNB或20管45 μL体系的DNB。
一张测序载片需加载的DNB体积为348 μL。
根据样本的种类,每个样本测序所需的数据量决定DNB制备体系的体积量。
对于一张测序载片,样本A所需的数据量为a,pooling文库的总数据量为b,样本A所需的理论DNB体积为:
制备体系为90 μL时,样本A的DNB制备体系个数为:(VDNB/90),取整数+1。
制备体系为45 μL时,样本A的DNB制备体系个数为:(VDNB/45),取整数+1。
根据 非时空文库浓度要求 所测得的ssDNA文库浓度及所需的文库fmol量,计算每个DNB制备体系所需投入的ssDNA文库体积。下表为1个DNB制备体系所需的ssDNA文库体积:
| 文库类型 | 文库体积V(μL) | ||
|---|---|---|---|
| 90 μL体系 | 45 μL体系 | ||
| 常规PCR | 130 fmol/c~200 fmol/c | 65 fmol/c~100 fmol/c | |
| 常规PCR-free | |||
| WGBS | 200 fmol/c | 100 fmol/c | |
温馨提示:
c表示文库浓度(fmol/μL)。
如建库试剂盒说明书有特殊要求,则以建库试剂盒说明书的文库要求为准。
计算出的文库体积V填入 制备DNB 。
当常规PCR及PCR-free文库的投入量在100 fmol/c~130 fmol/c(90 μL体系)或50 fmol/c~65 fmol/c(45 μL体系)时,可风险上机。低于此投入量要求,不建议上机。